日本列島のすべての封鎖が解かれ、スミノフ・シワノ両大国の一部が分離、さらに外交変数の導入により、新コードでは列島防衛軍の役割も大きく変化する。そして運命の開戦の日、列島軍亜宇宙艦隊はついにＩＢＭ軍と交戦、一方、東シベリア製ミグ50改を装備した列島海外派遣軍はインドの支援要請の応え、パミール高原のスミノフ地上軍を猛爆する。またも覚醒した異様な戦場世界、列島軍電脳心理作戦本部はその現存在解析に挑むが……。